Recoge la herencia del Instituto Cultural Español Reina Sofía de Atenas, Sección Cultural de la Embajada de España en Grecia, que se había fundado en 1976.
Desde 2022 el Instituto Cervantes de Atenas cuenta con una extensión en Tesalónica, la segunda ciudad del país, desde la cual se imparten cursos de español y se organizan actividades culturales como el Festival de Atenas y Epidauro.
Del centro de Atenas depende también orgánicamente el Aula de Nicosia, Chipre.
Es centro coordinador de Atenas, Belgrado, Bucarest, Estambul, Nicosia, Salónica, Sofía y Tel Aviv. Además, tiene asignados los centros de examen y los centros acreditados de Chipre. Del centro de Atenas depende la extensión del Instituto Cervantes en Salónica.
